__生物信息学与计算系统生物学 (Bioinformatics and Computational Systems Biology)__

* 时间：2012年2月22日-2011年4月27日，每周三、五下午13:30-16:10
* 地点: 中科院研究生院中关村教学楼N215教室

[{TableOfContents}]

----
!!!教学目的和要求

生物信息学和系统生物学是当前国际上的研究热点和前沿领域。生物信息学是综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。而系统生物学是在系统水平上对生物系统和生命现象的研究。它是一个在整体论哲学层面指导下在技术层面整合不同层次信息、不同层次（学科）技术、不同层次系统以理解生命系统如何行使功能的崭新领域。生物信息学和系统生物学是一个广泛的迅速发展的新领域，也是一个多学科参与的交叉学科。通过本课程研究生能够对生物信息学和系统生物学的发展动态及前沿方向有一个初步的认识，能够掌握生物信息学和系统生物学的基本概念和常用方法，能够独立查询与阅读相关文献和使用相关数据库与软件工具，同时对于生物信息学和系统生物学中的重要问题以及研究过程有一个系统而深入的了解，为进一步的科研工作打下坚实基础。

----
!!!课件

!!绪论

* [绪论1 (Introduction 1)|Course001/Introduction-1.pdf]
* [绪论2 (Introduction 2)|Course001/Introduction-2.pdf]

!!生物信息学

* [生物信息学-1. 基础知识 (Bioinformatics 1: Background)|Course001/Bioinformatics-1.pdf]
* [生物信息学-2. 序列分析与比对 (Bioinformatics 2: Sequence Analysis & Comparison)|Course001/Bioinformatics-2.pdf]
* [生物信息学-3. 单体型组装与推断 (Bioinformatics 3: Haplotype Assembly & Inference)|Course001/Bioinformatics-3.pdf]
* [生物信息学-4. 蛋白质结构预测 (Bioinformatics 4: Protein Structure Prediction)|Course001/Bioinformatics-4.pdf]
* [生物信息学-5. 蛋白质结构比较 (Bioinformatics 5: Protein Structure Comparison)|Course001/Bioinformatics-5.pdf]
* [生物信息学-6. 功能预测与注释 (Bioinformatics 6: Functional Prediction & Annotation)|Course001/Bioinformatics-6.pdf]
* [生物信息学-7. 基因组变异分析 (Bioinformatics 7: Genome Variation Analysis)|Course001/Bioinformatics-7.pdf]
* [生物信息学-8. 高通量技术 (Bioinformatics 8: High-throughput Technologies)|Course001/Bioinformatics-8.pdf]
* [生物信息学-9. 新一代测序技术 (Bioinformatics 9: Next Generation Sequencing)|Course001/Bioinformatics-9.pdf]

!!计算系统生物学A：网络分析

* [计算系统生物学A-1. 概述|Course001/SystemsBiologyA-1.pdf]
* [计算系统生物学A-2a. 网络分析|Course001/SystemsBiologyA-2a.pdf]
* [计算系统生物学A-2b. 网络分析|Course001/SystemsBiologyA-2b.pdf]
* [计算系统生物学A-3. 网络简化|Course001/SystemsBiologyA-3.pdf]
* [计算系统生物学A-4a. 网络模块-社团结构|Course001/SystemsBiologyA-4a.pdf]
* [计算系统生物学A-4b. 网络比对|Course001/SystemsBiologyA-4b.pdf]
* [计算系统生物学A-5a. 活性通路|Course001/SystemsBiologyA-5a.pdf]
* [计算系统生物学A-5b. 数据整合|Course001/SystemsBiologyA-5b.pdf]
* [计算系统生物学A-6a. 驱动基因.通路|Course001/SystemsBiologyA-6a.pdf]
* [计算系统生物学A-6b. 总结|Course001/SystemsBiologyA-6b.pdf]

!!计算系统生物学B：网络构建

* [计算系统生物学1. 概述 (Systems Biology 1: Background)|Course001/SystemsBiology-1.pdf]
* [计算系统生物学2. 基因调控网络推断 (Systems Biology 2: Gene Regulatory Network Inference)|Course001/SystemsBiology-2.pdf]
* [计算系统生物学3. 转录调控网 (Systems Biology 3: Transcriptional Regulatory Network)|Course001/SystemsBiology-3.pdf]
* [计算系统生物学4. 转录因子合作网络 (Systems Biology 4: Transcriptional Factors Cooperation Network)|Course001/SystemsBiology-4.pdf]
* [计算系统生物学5. 网络分析 (Systems Biology 5: Network Analysis)|Course001/SystemsBiology-5.pdf]
* [计算系统生物学6. 网络比对 (Systems Biology 6: Network Comparison)|Course001/SystemsBiology-6.pdf]
* [计算系统生物学7. 活性通路 (Systems Biology 7: Active Pathways)|Course001/SystemsBiology-7.pdf]


----
!!!参考书

* __Bioinformatics__. Andrzej Polanski and Marek Kimmel, Springer, 1 edition, May 29, 2007.
* __Biomolecular Networks: Methods and Applications in Systems Biology__. Luonan Chen, Ruisheng Wang, Xiang-Sun Zhang, John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, July, 2009.


!!!阅读论文清单

* [Selected papers |Course001Papers]